Epilepsi cerrahisindeki amaç epilepsi nöbetlerini tetikleyen bölgenin bazı cerrahi girişimler ile çıkarılmasıdır. Epileptik nöbetler birçok ilaç tedavisi denemesine rağmen yeterince kontrol altına alınamadığında cerrahi tedavi akla gelebilir. Cerrahi işlemine nöroloji uzmanı ile beyin cerrahı birlikte karar verir.
Rezektiv epilepsi cerrahisinde nöbet odağı olarak beynin tek bir yerinde ve alındığında hastada önemli bir bilişsel fonksiyon kaybına neden olmayacaksa cerrahiye karar verilir. Epilepsi odağını oluşturan anormallik EEG ile birlikte bir damar anormalliği, iyi huylu bir kitle ve benzeri bir yapı ise cerrahi başarısı oldukca yüksektir.
Primer jeneralize epilepsi denilen, beyinde odak mevcut olmayan, bir kısmının ailesel olduğu gösterilebilen epilepsilere ve ayrıca "çocukluk yaş grubunun iyi huylu parsiyel başlangıçlı nöbetli" epilepsi hastalarına kesinlikle uygulanmaz. Ayrıca hastanın ilerleyici bir hastalığı olması epilepsi cerrahisi yararlarını kısıtlayabilir.
Palyatif (Fonksiyonel) epilepsi cerrahisi ise rezektiv cerrahi uygulanamayan hastalarda nöbet yayılım yollarının kesilmesi, böylece epileptik odağı geri kalan beyin kısımlarından izole ederek nöbet yayılımını önlemek için yapılır. Tedaviye dirençli sekonder jeneralize nöbetlerde, atonik nöbet denilen ani düşme ataklarıyla seyreden nöbetler için uygulanır.